２０２０年９月３日の日本経済新聞によると中古マンション転売していた会社が転売するまでの間に家賃収入（非課税売上）があったため、マンション購入の消費税について一部しか控除を認めないという国と仕入れの目的は転売であるため全額控除できるという会社で裁判になっておりました。国税が地裁で敗訴したようです。【東京地方裁判所 2020年09月03日(平成30年（行ウ）第559号)】
課税売上５億円以上又は課税売上割合95％未満で、消費税の計算が個別対応方式か一括比例配分方式の選択になります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6401.htm
本件会社は個別対応方式を選択していたようです。
個別対応だと
イ 課税売上げにのみ要する課税仕入れ等に係るもの →全額課税仕入
ロ 非課税売上げにのみ要する課税仕入れ等に係るもの →全額課税仕入できない
ハ 課税売上げと非課税売上げに共通して要する課税仕入れ等に係るもの →一部課税仕入
となります。
本件の場合、ただ建物をリフォームして売却するだけなら、課税売上となり、上記のイで全額課税仕入できます。
仕入れ後に家賃売上（居住用）の非課税売上が発生したため、国税は、非課税売上と課税売上の共通の上記ハに該当するため、一部しか課税仕入できないという論理のようです。
最高裁で国側が敗訴し判決が確定したら、いままで共通対応仕入で処理していた会社について大きな影響になりそうです。
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